Przeciwwskazaniami do stosowania węgla aktywnego są: odwodnienie, zaburzenia elektrolitowe, trwające wymioty, trudności z przełykaniem (ryzyko aspiracji do płuc), planowana w najbliższym czasie endoskopia, niedrożność przewodu pokarmowego, planowany zabieg na przewodzie pokarmowym, wstrząs hipowolemiczny oraz zatrucie substancjami żrącymi lub substancjami ropopochodnymi.